Gereja Protestan Maluku adalah gereja yang berasal dari “indische kerk” atau gereja Protestan Indonesia. Indische kerk adalah gereja yang dibangun oleh VOC sejak tahun 1602-1800. Pada masa itu semua biaya pelayanan yang dibutuhkan gereja menyangkut pembangunan, penerbitan bacaan serta pembiayaan gaji para pendeta dan “penghibur orang sakit” di bayar oleh VOC. Semua itu dilakukan VOC karena ia adalah penguasa Kristen sehingga gereja hindia Belanda di sebut “gereja negara”. Mengikuti gereja induknya di Belanda, maka gereja yang dibentuk oleh VOC di Maluku bercorak calvinisme. Saat itu gereja di Maluku belum mandiri lepas dari pemerintah VOC.
Selama hampir dua setengah abad, Gereja di Maluku mengalami proses perkembangan dengan pembagian sebagai berikut:
1. Tahun 1540-1605, usaha misi portogis serta pengkristenan yang pertama
2. Tahun 1605-1815, gereja di Maluku dibawa pemerintahan VOC samapi 1800-an dan jangkah pendek yang berikutnya di bawah pemeliharan pekabaran Inggris (1814-1817)
3. Tahun 1815-1864, hidupnya kembali gereja di Maluku oleh usaha pekabaran injil NZG dalam kerjasamanya dengan gereja protestan.
4. Tahun 1864-1935, gereja di maluku di bawah pimpinan gereja protestan serta perkembangannya.
Pada rapat GPI tahun 1933 di Jakarta ditetapkan pemisahan GPI dari negarasecara administrasi tetapi perpisahan secara keuangan masih ditangguhkan. Sebelum rapat tersebut pada tanggal 19 mei 1933 di Maluku telah dibentuk badan sinode dan mengadahkan sidang pada tanggal 24-27 Maret 1933 yang membicarakan tetang:
- Nama Gereja Maluku-Gereja Maluku Injili (GMIA)
- Tata gereja GMIA
Proto Sinode yang ke dua berlangsung pada tanggal 7 Desember 1933 yang membicarakan:
- Usul problem tata gereja
- Usul problem nama GMIA menjadi GPM
- Membicarakan surat terbuka AMK (autonome Maluksche kerk) dan komite ummum menyangkut bentuk dan tata gereja
Hingga sidang proto terakhir 5 september 1935 yang membicarakan tentang:
- Penyerahan kepemimpinan kependetaan GPI Resort Amboina kepada pemimpin Badan Pekerja Sinode GPM
- Diterima dan diberlakukan tata gereja GPM yang sudah disahkan oleh GPI
- Acara upacara pelantikan GPM tanggal 6 September 1935
- Acara persidangan sinode pertama pada tanggal 7 september 1935
Setelah berdiri pada tanggal 6 september 1935maka pengesahannya dilakukan pada tahun 1936, bersama-sama dengan tata gereja.
Ketua Sinode GPM yang pertama adalah Pdt J. E. Stap dan Wakil ketua Pdt Tutuarima.
Struktur Badan Pekerja Sinode pada saat itu beranggota 10 orang, 7 diantaranya pendeta.
Dibentuklah 7 klasis yaitu: Ambon, Lease, Seram Barat, Seram Timur, Banda, dan Tarnate serta Ambon Kota.
Selain itu terdapat wilayah yang merupakan bagian dari GPM yaitu: Pulau Aru, Pulau Kei, Pulau Tanimbar, Barbar, Kisar, dan Irian Barat. Selanjutnya kelima wilayah ini menjadi klasis sedangkan Irian barat menjadi sinode tersendiri
Selama kurun waktu 1935-1942 baik pendeta, ketua resort kepemimpinan maupun ketua sinode GPM berasal dari gereja di Belanda karena pendidikan mereka dan karena mereka di angkat oleh GPI. Pada tahun 1942, setelah Jepang menduduki Indonesia, ketua Sinode di tawan karena berkebangsaan Belanda, maka Badan Pekerja Sinode yang berkebangsaan Indonesia mengambil alih kepemimpinan gereja sampai terpilihnya ketua Sinode Pertma orang Indonesia di zamn Jepang yaitu : Pdt s Marantika.
Seakarang GPM mempunyai 754 Jemaat
